食品微生物实验室建于2012年，主要进行食品原料、食品成品、市售产品、饮用水等中微生物检测。现拥有双目生物显微镜、超净工作台、高压蒸汽灭菌锅、低温培养箱、恒温水浴振荡器等实验设备，完好率100%，利用率达98%以上。

该实验室主要承担微生物学实验、食品质量与安全综合设计、食品检验综合实训、毕业设计等实践类课程，开设项目以综合性、设计性和创新性为主，同时开展学生课外创新创业训练项目和教师的相关科研项目。实验室的利用率较高，学生在课余实践参与做相关研究性的实验积极性较高，食品微生物实验室也为培养学生的探究能力提供了很好的场地。